大山包歷史上就是黑頸鶴的越冬棲息地，當(dāng)?shù)厝罕妼⒑陬i鶴視為“神鳥”，有自覺保護(hù)黑頸鶴的傳統(tǒng)習(xí)慣。1988年12月4日，云南大學(xué)王紫江、云南省環(huán)境科學(xué)研究所仇國新等專家在大山包考察時，確認(rèn)每年到大山包越冬的大型候鳥（當(dāng)?shù)厮追Q雁鵝）是國家一級保護(hù)動物黑頸鶴。

1990年1月5日，縣級昭通市人民政府發(fā)布《關(guān)于保護(hù)大山包鄉(xiāng)內(nèi)黑頸鶴的布告》，成立縣級自然保護(hù)區(qū)。

1994年3月31日，云南省人民政府批準(zhǔn)建立省級自然保護(hù)區(qū)。

2003年1月25日，經(jīng)中華人民共和國國務(wù)院辦公廳批準(zhǔn)，大山包保護(hù)區(qū)晉升為“黑頸鶴國家級自然保護(hù)區(qū)”，市政府批準(zhǔn)建立副處級保護(hù)區(qū)管理局，委托昭陽區(qū)人民政府管理，屬于公益性參公管理事業(yè)單位，負(fù)責(zé)黑頸鶴及大山包濕地的保護(hù)管理。

2004年12月，國際濕地公約秘書局批準(zhǔn)，大山包列入“國際重要濕地”名錄，編號為“第1435號”。

2005年10月31日,中國野生動物保護(hù)協(xié)會授予云南省昭通市昭陽區(qū)為“中國黑頸鶴之鄉(xiāng)”。2005年7月，保護(hù)區(qū)成為東北亞鶴類網(wǎng)絡(luò)成員單位之一。

2008年，大山包加入中國自然科學(xué)博物館協(xié)會團(tuán)體會員單位。

2008年9月25日，云南省第十一屆人民代表大會常務(wù)委員會第五次會議通過，根據(jù)2018年5月30日云南省第十三屆人民代表大會常務(wù)委員會第三次會議《關(guān)于修改〈云南省昭通大山包黑頸鶴國家級自然保護(hù)區(qū)條例〉的決定》（修正），大山包走上了一區(qū)一法，依法管理的歷史軌道。

2009年，大山包加入中國科學(xué)院昆明動物研究所野生動物監(jiān)測站。

2011年12月，在人民日報和濕地國際中國辦事處舉辦的最美濕地評選中，大山包濕地評選為六塊“中國最美濕地”之一。

2012年12月，大山包加入長江濕地保護(hù)網(wǎng)絡(luò)成員。

2013年11月，經(jīng)云南省科技廳批準(zhǔn)，大山包成為第九批“云南省省級科學(xué)普及教育基地”。

2016年，大山包保護(hù)區(qū)管理局升格為正處級事業(yè)單位，更名為云南大山包黑頸鶴國家級自然保護(hù)區(qū)管護(hù)局。

2021年，聯(lián)合國開發(fā)計劃署和國家林業(yè)和草原局共同啟動了“UNDP-GEF東亞-澳大利西亞遷飛路線中國候鳥保護(hù)網(wǎng)絡(luò)建設(shè)項目”（簡稱“UNDP-GEF遷飛保護(hù)網(wǎng)絡(luò)項目”）。該項目是全球環(huán)境基金（GEF）支持我國以濕地保護(hù)和候鳥保護(hù)為主的國際合作項目，示范點涵蓋遼寧、山東、上海和云南的四個國家級自然保護(hù)區(qū)，云南大山包黑頸鶴國家級自然保護(hù)區(qū)被列入GEF項目示范保護(hù)區(qū)。

2024年被阿拉善SEE東海項目中心授予“候鳥遷飛通道清潔濕地守護(hù)伙伴?！?/p>